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Entre las muchas variedades de café sembradas en Puerto Rico figuran las siguientes:

Coffea arabica Tipo A es la variedad más extendida en el mundo y en Puerto Rico, representando más de un 80% de la producción global. En su estado salvaje, el arbusto alcanza la altura promedio de 18 a 25 pies. Las flores de estas plantas son blancas y olorosas. Los granos del Coffea arabica se distinguen por su sabor superior.

Coffea Canephora es nativo de las regiones ecuatoriales de África, desde la costa occidental hasta la zona del este en los países de Uganda y el sur del Sudán. Sus flores son blancas, y a veces, teñidas con matices color rosa. Aproximadamente el 20% de la producción global del café es de Coffea canephora y el 18% de la producción puertorriqueña pertenece a esta variedad.

Typica es una variante tradicional derivada de la planta Coffea arabica que crece en estado silvestre por las extendidas mesetas de Etiopía. Es un arbusto de forma cónica con tronco vertical y posee abundantes ramas productoras. El tamaño del fruto y de la semilla es grande. La mayoría del café puertorriqueño se clasifica como Typica.

Borbón es una mutación de la variante Typica, descubierta por primera vez en la isla de Reunión. El fruto de la Borbón es más pequeño y la rama más compacta que la de la Typica, pero su cosecha es más abundante. Tiene la tendencia a la caída de fruto durante épocas de lluvia que coincidan con la cosecha, y por ende, puede sufrir su rendimiento. Mas sin embargo, el sabor del grano de la Borbón es altamente codiciado. Las variantes Caturra y Pacas, ambas derivadas de la Borbón, fueron creadas en Puerto Rico.

A través de los años, la Isla ha producido varios híbridos locales que ameritan mención, entre ellos figuran: el Porto Rico Limani y el Frontón.